Коритото на река Благоевградска Бистрица по цялото си протежение в урбанизираната си част има изградена система от баражи, които целят спирането на големи вълни и наноси. Самото корито на реката е разширено в урбанизираната си част, което свежда до минимум опасността от преливане на реката в Благоевград.
Към това, като прибавим и институционалния контрол да се наблюдава денонощно нивото на реката от компетентните институции и извършването на почистване на критичните участъци: деретата, притоците и коритото на реката от саморасли дървета, растителни храсти и дънери от самото корито на реката в урбанизираната й част, според план програмата за текущата година от „Плана за намаляване на риска от бедствия“, може да заключим, че Благоевград е защитен от преливане на река Благоевградска Бистрица.
При сигнал за обилни валежи и преливане извън коритото на реката, Общинският щаб за изпълнение на „Общински план за намаляване риска от бедствия“ задейства „План за защита от наводнения“, част от плана „Защита при бедствия“ на Благоевград.

